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PrettyAna
20.12.2015, 13:52

Einzelne Zahlen aus txt-Dateien in Python einlesen?

Guten Tag.

Ich lerne zur Zeit Python an der Hochschule und arbeite mit Python 3.5. Bisher kam ich immer gut zurecht, doch nun haben wir eine Hausübung bekommen, die mir etwas Kopfzerbrechen bereitet.

Die Aufgabe ist folgende:

Lesen Sie aus der Datei unip-mini.dat.txt Zeile SQ die Länge aller Proteine in eine Liste. Plotten Sie die Liste als Histogramm mit 50 Balken.

Beispiel, wie so eine Zeile aussieht: SQ SEQUENCE 458 AA; 53921 MW; E46E5C85D7ACA139 CRC64;

Länge: 458

Wie man grundsätzlich Dateien in Python einliest, ist mir bekannt. Ich bin auch schon so weit, dass es nur diejenigen Zeilen einliest, die eben mit SQ beginnen. Allerdings möchte ich ja nur die Länge der Proteine in der Liste haben. Nun ist mein Problem, dass ich eben nicht weiß, wie ich es fertig stelle, dass lediglich die Länge in die Liste eingefügt wird.

Mein Code sieht bisher wie folgt aus:

    #!/usr/bin/python3

    import numpy as np
    import matplotlib.mlab as mlab
    import matplotlib.pyplot as plt

    def main():
        if os.path.isfile(sys.argv[1]) == False:
            print("Datei", sys.argv[1], "nicht gefunden")
            exit(0)
        with open(sys.argv[1]) as filetoread:
            lines = filetoread.readlines()
        seq = []

        for i in range(len(lines)):
            if(re.search('SQ   ', lines[i])):
                seq.append(lines[i])

        print(seq)


    if __name__ == "__main__":
        import sys
        import os
        import string
        main()

Könnte mir da vielleicht jemand helfen? Vielleicht gehe ich die Sache ja gerade auch einfach ganz falsch an und merke es nicht.

Mit freundlichen Grüßen

Programm, programmieren, Bioinformatik, Informatik, Python
4 Antworten
powerpanda1
27.11.2015, 09:51
Mit Links

Wie passe ich die Word Formatvorlage im Zitate und Literaturverzeichniss an konkrete Vorgaben an?

Hallo :)

Ich möchte im Word 2007 die Formatvorlage im Zitate und Literaturverzeichnis so anpassen, dass folgenden Bedingungen erfüllt werden:

Nummeriertes Literaturverzeichnis/Endnoten (häufig bei Chemie-Papers)

In der Chemie werden die Literaturstellen im Text von 1 fortlaufend durchnummeriert und in eckigen Klammern hinter dem Zitat hochgestellt.

z.B. text text text text text.[1]

Im Literaturverzeichnis stehen die vollständigen Angaben dann in der Reihenfolge der Nummern (dort auch mit eckigen Klammern, aber nicht hochgestellt):

[1] K. P. C. Vollhardt, Organische Chemie, 1. Aufl., VCH, Weinheim, 1988, S. 215.

[2] A. Kraft, Chem. Commun. 1996, 77–79.

[3] S. Novick, "Biography of Rotational Spectra for Weakly Bound Complexes", zu finden unter http://www.wesleyan.edu/chem/faculty/novick/vdw.html, 2005 (letzter Zugriff 21.06.15, 21.46).

Es werden alle Autorennamen angeben (bei mehr als drei Autoren ist et al. zulässig), mit Gross- und Kleinbuchstaben schreiben, und zwar erst abgekürzte Vornamen, dann Nachnamen; kein "und" zwischen vorletztem und letztem Namen verwenden.

Kann mir da jemand helfen, um das zu realisieren? Ich habe bereits gegoogelt, aber die Vorlagen und Anleitungen die ich gefunden habe helfen mir nicht.

Würde mich sehr freuen, wenn jemand Rat wüsste... Beste Grüsse

Computer, Microsoft Word, programmieren, Informatik, Office 2007, Textverarbeitung
1 Antwort
AmirZoldyck
16.11.2015, 21:05

wieso kommt ein fehler beim kompilieren?

Hey Leute, bin 15 Jahre alt und lerne gerade die Programmiersprache, weil ich etwas in Richtung Informatik studieren will. Dafuer habe ich mir ein Buch gekauft und das heisst 'C Programmieren von Anfang an' von Helmut Erlenkoetter. Ich scheitere irgendwie schon beim Kompilieren. Dort wird ein Beispielprogramm angegeben das man abschreiben sollte

/* bspl0001.c */ 

#include <stdio.h>

main(){ 

    printf("\nDies ist mein erstes C-Programm.\n");

    printf("\nWie sie sehen, kann 'printf' ");

    printf("nicht nur Texte drucken,\n);

    printf("sondern auch rechnen. \n\n"); 

    printf("13 * 7 = %i \n", 13 * 7);

 }

und wenn ich kompilieren will dann kommen mehrer Error's. Die Entwicklungsumgebung mit der ich arbeite heisst Pelles C IDE. Ich habe mir diese ausgesucht, weil ich von mehreren Personen gehoert habe, dass sie anfaengerfreundlicher ist. Ich hoffe ihr koennt mir weiterhelfen.

Die Error's die mir angezeigt werden:

C:\Users\Amir x Lumpi\Desktop\fail\erstes Programm.c(6): error #1040: Unterminated string or char constant.

C:\Users\Amir x Lumpi\Desktop\fail\erstes Programm.c(3): warning #2099: Missing type specifier; assuming 'int'.

C:\Users\Amir x Lumpi\Desktop\fail\erstes Programm.c(3): warning #2117: Old-style function definition for 'main'.

C:\Users\Amir x Lumpi\Desktop\fail\erstes Programm.c(7): error #2140: Type error in argument 1 to 'printf'; expected 'const char * restrict' but found 'int'.

C:\Users\Amir x Lumpi\Desktop\fail\erstes Programm.c(7): error #2001: Syntax error: expected ')' but found ';'.

* Fehlercode: 1 * Fertig.

programmieren, linker, Informatik, Programmiersprache, C (Programmiersprache), Erzeuger, kompilieren, Quellcode
5 Antworten
APsychosFriend
15.11.2015, 16:37

Datenbank: Unterschied/Definition von Schlüsselkandidat und Schlüssel?

Hallo ich beschäftige mich mit (speziell) relationalen Datenbanken und bin beim Thema Schlüssel angekommen. Ich kenne den Unterschied zwischen Fremdschlüssel und Primärschlüssel, bloß verstehe ich noch nicht was der Unterschied zwischen Schlüsselkandidat und Schlüssel ist. Im Internet habe ich eig. jede Seite gegooglet und nachgeschaut, aber verstehen tu ich es trotzdem nicht. Fremdschlüssel: Hat die gleichen Eigenschaften wie ein Primärschlüssel Ist ein Primärschlüssel, der auf einen Primärschlüssel in einer anderen Tabelle hinweist Damit der Fremdschlüssel auf den Primärschlüsel hinweisen kann ,müssen die Werte des Fremschlüssels mit dem des Primärschlüssel übereinstimmen

Primärschlüssel: Eindeutiger Bezeichner einer Tupel Werden meist unterstrichen Ist ein auserwählter Schlüsselkandidat Dient also zur Identifikation Besteht aus einem oder mehreren Attributen Das habe ich verstanden. Bloß was ist der Unterschied zwischen Schlüsselkandidat und Schlüssel. Ein Schlüsselkandidat besteht aus einem oder mehreren Attributen und hat die Möglichkeit/Chance ein Primärschlüssel zu werden. So also kann ein Schlüssel nur aus einem Attribut bestehen oder wie ist das? Wenn ja dann wären wiederrum einige Schlüsselkandidaten auch Schlüssel, weil sie aus einem Attribut bestehen? Oder ist ein Schlüssel eine allgemeine Bezeichnung für alle anderen Schlüsselarten? Was ist denn der genaue Unterschied? Schlüssel können einen Tupel eindeutig identifizieren, aber Schlüsselkandidat doch auch?

Schlüssel, Datenbank, Informatik
2 Antworten

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