Das Filioque wurde erstmals auf dem Dritten Konzil von Toledo im Jahr 589 n. Chr. diskutiert und bestätigt (nicht 489). Dieses Konzil war ein regionales Konzil im Westen und nicht ein ökumenisches Konzil der gesamten Kirche. Das Filioque wurde eingeführt, um sich gegen den Arianismus abzugrenzen und die Wesensgleichheit Christi mit dem Vater zu betonen12356. Das Konzil von Ephesus (431) – nicht 451, das war Chalcedon – hatte ausdrücklich festgelegt, dass das Glaubensbekenntnis nicht verändert werden dürfe. Das spätere Hinzufügen des Filioque wurde von späteren ökumenischen Konzilien (z. B. Konstantinopel 879/880) und von allen fünf Patriarchen der damaligen Kirche als unzulässig und ungültig erklärt267. Aus Sicht der ökumenischen Konzilien ist das Filioque also eine einseitige Änderung und wurde von der orthodoxen Kirche als unzulässig und häretisch betrachtet.
Das Filioque wird in der Heiligen Schrift nicht ausdrücklich erwähnt. Die meisten römisch-katholischen Argumente für das Filioque stützen sich auf mehrdeutige Bibelstellen wie Galater 4,6 („Gott sandte den Geist seines Sohnes in unsere Herzen“), was jedoch nach orthodoxem Verständnis eher die Sendung (ad extra) und nicht die ewige Herkunft (ad intra) des Geistes meint. Die orthodoxe Position sieht in Bibelstellen wie Johannes 15,26 („Der Geist der Wahrheit, der vom Vater ausgeht“) die klare Aussage, dass der Heilige Geist vom Vater ausgeht, und dass das „Senden“ durch den Sohn die zeitliche Sendung meint, nicht die ewige Herkunft267.
Das Filioque ist nicht mit den frühen Schriften der universalen Kirchenväter vereinbar. Während einige wenige lateinische Kirchenväter frühe Formulierungen verwendeten, die an das Filioque erinnern, ist die moderne katholische Auslegung davon nicht identisch mit deren Verständnis. Die überwältigende Mehrheit der wichtigsten und universalen Kirchenväter – sowohl im Osten als auch im Westen – lehrte das Filioque nicht. Von allen Hauptvätern hat nur Augustinus von Hippo eine Lehre vertreten, die dem heutigen Filioque nahekommt. Die östlichen Kirchenväter, einschließlich der Drei Hierarchen (Basilius der Große, Gregor der Theologe, Johannes Chrysostomus), lehrten das Filioque nicht, sondern betonten, dass der Geist „durch den Sohn“ wirkt, nicht aber „vom Sohn“ ausgeht, was der modernen orthodoxen Theologie entspricht267.