Die Elektronenpaarbindungen befinden sich innerhalb des Wassermoleküls zwischen Wasserstoff H und Sauerstoff O. Durch die unterschiedliche Elektronegativität von H und O (O ist negativer) sind die Bindungselektronen ungleich verteilt, d.h. "näher" bei O. Dadurch hat das Wassermolekül eine leicht positive Wasserstoffseite und eine leicht negative Sauerstoffseite.
Die Wasserstoffbrücken sind keine Elektronenpaarbindungen, sondern entstehen durch die Anziehungskraft zwischen den verschiedenen benachbarten Wassermolekülen (positive Wasserstoffseite des einen zieht negative Sauerstoffseite des andern an).