Sagt ihr der oder das Virus (im Nominativ)?

Beides. Der Virus, wenn es um Computer geht; das Virus, wenn es um die kleinen Partikel geht, die Lebewesen krank machen.

Ich wechsle die Varianten ab, da beide zulässig sind.

Richtig ist beides.

• Medizin: das Virus
• Computer und sonstwie im übertragenen Sinn: der Virus

Virus ist ein Neutrum und bei Neutralität sind Nominativ und Akkusativ gleich, also das Virus.