Wie kann ich verhindern, dass die Farbe beim Einscannen eines Dokuments ihre Intensität verliert?

Direkt gar nicht - Additionsfarben (Lichtfarben wie am Monitor) wirken praktisch immer intensiver als Subtraktionsfarben (Druckfarben).

Indirekt kannst du bekannte Vergleichsfarben mitscannen / einzeln einscannen (z. B. eine RAL-Farbpalette) und das Resultat so nachbearbeiten, dass die bekannten Farben möglichst genau abgebildet werden.

(Vgl. die Antwort von glasair): Je nach Qualität des Scanners kann man auch an dessen Einstellungen einiges verbessern.

Sättigung hochstellen, entweder direkt in den Druckeinstellungen oder erst als JPG/PNG/BMP exportieren, dann mit einem Bildbearbeitungsprogramm (z.B. pdn) das Bild bearbeiten und dann als PDF exportieren.

Schau dir mal deine Scannereinstellungen durch. Da sollte es Sättigungs und Kontrasteinstellungen geben. Wenn nicht, ein Profi-Scanprogramm wie Viewscan verwenden, oder eben in einer Bildbearbeitung den fertig gescanntes Bild nachbearbeiten.

Kann man nicht viel tun... evtl. einen neuen Scanner kaufen...