Ist es möglich, sog. "Runflat"-Reifen (z.B. bei BMW) mit einem Pfropfen zu flicken, wenn man sich ein Loch durch eine Spax-Schraube eingefangen hat?

Diese Frage beantwortet dir ein Reifenhändler. Du selber pfropfst da mal gar nichts rein, das könnte lebensgefährlich sein

Es kommt auch immer auf die Stelle an.

Ich hatte eine Schraube im Winterreifen, der Reifenhändler hat ihn geprüft und alles war okay und es musste gar nichts gemacht werden

Das ist möglich, wenn es an der Reifenlauffläche passiert ist. Jedoch ist es bei der Demontage des Reifen genau so gut möglich, dass man ihn entsorgen muss.
Runflat Reifen soll man eigentlich nur 1 mal montieren. Durch eine Demontage und erneute Montage können die verstärkten Reifenwände Schäden erleiden.

Entsprechend gibt dir kein Monteur eine Gewährleistung darauf, dass er den Reifen unbeschadet von der Felge bekommt.

Je nach Schadstelle, ja. Wird die Reparatur fachgerecht ausgeführt, hast Du keinerlei Nachteile zu befürchten.

https://www.kfz-betrieb.vogel.de/reifenreparatur-fuer-run-flats-a-138947/