Besteht Gott aus Atomen?

Nein, Gott ist Geist - aber seine Schöpfung besteht aus Teilchen, die durch seine Kraft zusammengehalten werden:

Quantenphysik 

Mac Planck 1944 und die heutigen Quantenphysiker bestätigen mit ihren Entdeckungen, dass alles durch eine Kraft besteht - dass es Materie im herkömmlichen Sinn nicht gibt. Alles ist durch  Instruktion bewirkte Beschaffenheit von sonst unbestimmbaren Quantenzuständen. 

Und das wird bestätigt durch Gottes Wort, die Bibel:

„Denn in ihm (in Jesus) ist alles erschaffen worden, was im Himmel und was auf Erden ist, das Sichtbare und das Unsichtbare, seien es Throne oder Herrschaften oder Fürstentümer oder Gewalten: Alles ist durch ihn und für ihn geschaffen; und er ist vor allem, und alles hat seinen Bestand in ihm.“   Kolosser 1:16-17‬ ‭

 "Die verborgene Wirklichkeit" von Wolfgang Leisenberg

Die Vorstellung von einer Transzendenz besteht aus Neuronennetzwerken die auf physikalischen Prozessen und damit auch Quantenzuständen aufbauen.

Da man ihn noch nicht gesehen hat, weiß man das nicht.

Gott wird (im Chriistentum) als Geist definiert, Atome sind Materie.

Wenn Gott aus Atomen bestehen würde, müsste es sich um irgendeine Gestalt handeln, - und die ist bisher (noch) nicht nachgewiesen worden!