(Die Antwort bezieht sich auf das „Gesamtprojekt“, wie vermutlich gemeint ist, nicht nur auf den Linux Kernel selbst.)
Der größte Vorteil, dass nicht alles von einem Entwickler/Unternehmen stammt, ist meiner Meinung nach auch der größte Nachteil.
Das führt häufig zu Inkompatibilitäten (zB selbst bei aktuell gehaltenen Rolling Release Distributionen kommt es häufig vor, dass ältere Versionen von Paketen ausgeliefert werden müssen, weil sie mit anderen nicht kompatibel sind), sowie zu Redundanzen (zB hab ich bei openSUSE Einstellungen doppelt, sowohl in YaST als auch in den KDE Systemeinstellungen).
Es gibt auch viele Entwickler, die noch etwas „altmodischere“ Vorstellungen haben (bitte nicht falsch verstehen), zB bei KDE wehren sich noch einige gegen abgerundete Ecken (soweit mir bekannt hauptsächlich aus Performance Gründen), obwohl sie bei Windows 11 schon problemlos zum Einsatz kommen.
Gerade Modernisierungen können dadurch auch mal schleppend vorran gehen. Das sehen wir gerade bei X & Wayland. Wayland ist immer noch nur „fast“ soweit (wobei man es mittlerweile schon sehr gut & problemlos einsetzen kann), X hat aber schon seit Langem ausgedient.
Das Fehlen von einheitlichen Standards kommt noch dazu.