Ja, das geht theoretisch. Im "großen" Geschäft wird das auch immer wieder gemacht. Es gibt bereits einige geklonte Pferde im Deckeinsatz (z.B. ET). Meist werden diese sogar von den Zuchtverbänden anerkannt.
Schau zum beispiel mal hier rein: http://www.spiegel.de/spiegel/print/d-46046466.html
Das klonen ist jedoch sehr teuer und lohnt nur für herausragende Pferde. Trotzdem gibt es bereits zwei- bis dreihundert geklonte Pferde (Quelle: Die Welt).
Es werden alle Geschlechter geklont, auch Wallache können geklont werden (sind dann bei Geburt des Klones zeugungsfähige Hengste). Das Klonen ist hauptschlich für bereits allte Deckhengste interessant, deren Genmaterial auch nach deren Tod weitervererbt werden soll. Zudem können so die Gene von Wallachen vererbt werden. Man kastriert übrigends Pferde nicht nur weil sie nicht zur Zucht taugen, meist ist der Grund für eine Kastraktion, dass man ein umgänglicheres, rittigeres, braveres Pferd erhalten will. Oftmals sind es jedoch Wallache, die sich als Spitzenpferde erweisen.