Es stimmt, dass einige Mitautoren, darunter Nicolas Werth, Jean-Louis Margolin und Karel Bartošek, sich bereits vor der Veröffentlichung im Oktober 1997 von Teilen des Buches distanzierten, insbesondere von der Einleitung Stéphane Courtois' und dem geplanten Titel Das Buch kommunistischer Verbrechen. Ihre Kritikpunkte betrafen insbesondere die methodische Qualität und die Gleichsetzung von Kommunismus und Nationalsozialismus. So argumentierten sie, dass Massenverbrechen zwar legitime Untersuchungsgegenstände seien, das Buch diese aber nicht mit der nötigen Sorgfalt diskutiere. Auch wiesen sie darauf hin, dass die Opferzahlen teils unklar, widersprüchlich und von Courtois möglicherweise absichtlich auf 100 Millionen hochgerechnet worden seien. Werth selbst schätzte etwa die Opfer des Stalinismus auf 15 Millionen und nicht 20 Millionen.
Allerdings bleibt die zentrale Kritik der Antikommunisten bestehen: Selbst wenn die Opferzahlen diskutiert werden können, zeigen die grundsätzlichen Aussagen des Buches – trotz aller Kontroversen – eines auf: Kommunistische Regime führten weltweit zu Massenmorden, Hungertoden und systematischem Terror. Selbst Werth und Margolin räumten ein, dass die Mechanismen kommunistischer Systeme, wie die „Ausmerzung von Klassenfeinden“, immer wieder in brutale Verbrechen mündeten. Selbiges gilt für den kollektivismus, seit den Forschungen zum Thema des Totalitarismus (Totalitarismus-Theorie), wie sie beispielsweise von der deutsch-jüdischen politischen Theoretikerin Hannah Arendt (*1906 – †1975) betrieben wurde, bekannt, dass der Kollektivismus als politische Ideologie und seine gesellschaftliche Organisation Grundlage für die Menschheitsverbrechen des 20. Jahrhunderts in Europa und Asian war. Auch wenn Courtois‘ methodische Schwächen berechtigter Kritik unterliegen, ändert dies nichts an der Tatsache, dass diese Verbrechen systemimmanent sind und direkt aus der Ideologie des Kommunismus resultieren.
Die Argumentation, dass Kommunismus eine „ursprünglich emanzipatorische Ideologie“ sei, scheitert daran, dass jede Umsetzung dieser Ideologie zwangsläufig auf der Enteignung und Unterdrückung von Individuen basiert. Selbst wenn nicht alle kommunistischen Diktaturen „systematisch kriminelle Formen“ annehmen, bleibt das zentrale Problem bestehen: Sie verletzen das Naturrecht und die Freiheit des Einzelnen von Grund auf.