Das kann ganz unterschiedliche Gründe haben.
Ich denke überzeugte Atheisten, betrachten Religion als Aberglauben vergangener Zeiten. Also etwas, was Menschen sich ausgedacht haben, weil sie keine anderen Erklärungen für Naturphänomene hatten. Sie fühlen sich dann Gläubigen Menschen intellektuell und geistig überlegen und machen sich darüber lustig.
Andere verarbeiten so ihre Enttäuschung und Wut über die Rückständigkeit der Kirche in den Bereichen der Gleichberechtigung oder verschiedenen Verbrechen.
Andere missgönnen der Kirche ihre Privilegien und lehnen deshalb alles ab, was damit zu tun hat.
Andere sind vermutlich einfach nur daran interessiert, ihre eigene Meinung als alleingültig gelten machen zu wollen. Das kennt man auch schon bei solchen Themen wie Politik, Musik,... überall dort wo man keine andere Meinung oder Ansicht tolerieren will.
Davon sollten sich Gläubige aber nicht beeindrucken oder ärgern lassen. Extremisten gibt es nunmal in allen gesellschaftlichen Bereichen, auch bei den Atheisten. Der beste Umgang ist, wie immer wenn jemand im Internet intolerant trollen will. Einfach ignorieren, wenns krass ist, dann melden und blockieren.