Mängel musst du dem Vermieter unverzüglich anzeigen, da du sonst z.B. kein Minderungsrecht hast und damit auch kein Druckmittel. Außerdem haftest du dem Vermieter für Schäden, die durch deine unterlassene Mängelanzeige entstehen. Wenn der Fußboden schlampig gelegt wurde, hat der Vermieter ggf. einen Regressanspruch gegen das ausführende Unternehmen. Aber natürlich nicht ewig. Verjährt der Anspruch des Vermieters aufgrund deiner fehlenden Mangelanzeige, kann das ein dem Vermieter entstehender Schaden sein.
Spätestens bei der Wohnungsübergabe werden die Schäden auffallen. Da wirst du sagen: "Ja, das ist schon 1 1/2 Jahre nach dem Einzug passiert." Vermieter: "Und warum haben Sie das nicht gemeldet?" Berechtigte Frage.
Ob die Mängel behoben werden, ist ja wieder eine andere Frage. Aber darüber kann man ja mit dem Vermieter sprechen. Unterschiedliche Höhen sind übrigens nicht automatisch ein Mangel. Auch beim fachmännischen Einbau gibt es gewisse Toleranzen. Einen Austausch des Bodens rechtfertigen aber auch größere Unebenheiten eher nicht - du hast sie auch erst nach einer längeren Zeit überhaupt erst bemerkt.