Kommt darauf an, was du machen möchtest. 

Der Xeon E3 1231 V3 ist, wenn es ums zocken geht die bessere Alternative im Vergleich zum i7 4790. Der Xeon E3 1231 V3 hat zwar keine integrierte Grafikeinheit (Intel HD Graphics),  diese brauchst du ja aber eh nicht, da du ja eine separate Grafikkarte hast, wenn du gamest. Der Xeon E3 1231 V3 hat aber 200 MHz weniger Takt, diesen Unterschied merkst du allerdings nicht, dazu ist der Xeon E3 1231 V3 günstiger und daher empfehlenswert.  

Der Xeon E3 1231 V3 kostet momentan auf mindfactory.de ca. 250€. Klar die Preise können sich auf mindfactory ziemlich schnell und stark ändern ;)

Wenn dir aber 250€ immer noch zu viel sind, wäre der i5 4460 zu empfehlen. Der hat zwar im Vergleich zum Xeon E3 1231 V3 kein Hyperthreading (8 Threads). Die allermeisten Games sind aber eh schlecht auf mehr als 4 Threads angepasst. Der Xeon E3 1231 V3 wäre halt einfach zukunftssicherer, da in Zukunft wahrscheinlich mehr Spiele auf mehr als 4 Threads angepasst werden. 

Aber eine Alternative mit gleicher oder ähnlicher Leistung wie ein i7 4790/Xeon E3 1231 gibt es im Desktop-Segment leider nicht. 

Ein AMD FX 8350 (stärkste noch zu empfehlende AMD FX CPU) mag zwar auf den ersten Blick stärker als ein i7 4790/Xeon E3 1231 aussehen, da er ja scheinbar 8 Kerne und mehr MHz hat, aber der Schein trügt. 

Das hat folgende Gründe. 

Der FX 8350 hat keine richtigen 8 Kerne sondern nur 4 Module mit je zwei Integereinheiten. Dieses Modulverfahren z.B. eben beim FX 8350 ist ein Kompromiss zwischen einem vollwertigten Achtkerner und einem Vierkerner mit Hyperthreading (SMT). Das heisst einige Funktionseinheiten sind in allen Integerkernen vorhanden, einige Funktionseinheiten werden von zwei Integereinheiten geteilt. Es ist zum Beispiel nur eine Fliesskommaeinheit (FPU) für je zwei Integereinheiten verfügbar. Fliesskommaeinheiten sind für Gleitkommaberechnungen wichtig. Eine Gleitkommazahl ist eine Annäherung an eine reelle Zahl. 

Dazu haben die FXs von AMD auch kein Hyperthreading. Bei Hyperthreading tut ein Prozessorkern so als wäre er ein Zweikerner, so kann er zwei Threads (Teilaufgaben eines Programms) gleichzeitig abarbeiten. 

Dazu hat Intel noch eine eigene Compilersuite. Ein Compiler übersetzt den geschriebenen Programmcode in Maschinencode. Und wenn jetzt natürlich das Programm auf die Intel Compilersuite angepasst ist, wird das Programm schneller und "besser" in den Maschinencode übersetzt. 

AMD FX Prozessoren sind vor allem auf Anwendungen ausgelegt, die gut auf mehrere Threads skalieren. Im cinebench ist der FX 8350 zwischen einem i5 un einem i7 4790/Xeon E3 1231 V3

In Games hat der FX 8350 eine Leistung eines i3, wenn das Game schlecht auf mehr als 4 Threads angepasst ist. 

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MHz und Kerne sagen nicht unbedingt viel über die Leistung einer CPU aus. Viel wichtiger ist zum Beispiel die verwendet Architektur. 

Ein Xeon E3 1231 V3 ist zum Beispiel einem FX 8350 überlegen. Obwohl der AMD FX 8350 8 "Kerne" @ 4 GHz hat, während der Intel Xeon E3 1231 V3 "nur" 4 Kerne mit SMT @ 3,4 GHZ hat. Denn Intel hat momentan die bessere und modernere Architektur. 

Der FX 8350 hat eigentlich auch nicht richtige 8 Kerne, sondern nur 4 Module mit je 2 Integer Einheiten. Dieses Modulverfahren z.B. beim FX 8350 ist ein Kompromiss zwischen einem richtigen Octacore und einem Quadcore mit SMT. 

Viele Games sind heute schlecht auf mehr als 4 Kerne angepasst. Weshalb zum Zocken ein guter Quadcore heute allemal ausreicht. In Zukunft könnte sich dies allerdings ändern, deshalb wäre ein Quadcore mit SMT (Xeon E3 1231 V3) Zukunftsicherer. 

Allerdings ist zum zocken ein Dualcore nicht empfehlenswert, da heute einige Games mit einem Dualcore nicht mal starten (Far Cry 4). 

Zum zocken, wenn das Budget begrenz ist, wäre ein FX 6300 zu empfehlen, dieser ist zwar schlechter als ein i5 aber auch um einiges günstiger. Ausserdem kann man den FX noch übertakten, wenn das Board es mitmacht (gekühlte Spannungswandler). Auch sollte ein guter CPU vorhanden sein, zum übertakten (Top Blow von Vorteil, da dann Spannungswandler noch gleich aktiv mitgekühlt werden)

Wenn das Budget über 500€ geht wäre ein i5 4460 zu empfehlen, fürs zocken. 

Wenn du neben dem zocken noch andere Sachen machst (Video rendering) wäre ein FX empfehlenswerter. Denn der FX kann in Programmen die gut auf viele Kerne ausgelegt sind seine Stärken zeigen. Wenn du Video Rendering machst, wäre vielleicht der FX 8320 etwas. 

Aber auch hier ein Xeon E3 1231 V3 ist auch beim Rendern dem FX überlegen. 

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Der Vorteil von selber zusammenbauen ist sicherlich, dass es günstiger ist.

Wenn du deinen PC selber zusammen gebaut hast, weist du auch wie dein PC aufgebaut ist, was dir dann später vielleicht nützlich sein kann, wenn es Probleme mit dem PC gibt. Ausserdem macht es Spass seinen PC selber zusammen zu bauen und wirklich schwer ist es nicht. Es gibt auf YouTube viele verschiedene Tutorials, die dir das erklären.

Der Vorteil vom Zusammenbauen lassen und gleichzeitig auch der Nachteil vom selber zusammen bauen ist, dass wenn dir beim Zusammenbau etwas kaputt geht, du selber verantwortlich bist für die Schäden. Allerdings ist die Chance, dass etwas Defekt geht beim Zusammenbau, wenn man gut aufpasst ziemlich gering. Auch kann man die Komponenten nicht wirklich falsch einbauen. Die CPU passt nur in eine Richtung usw.

Das Zusammenbauen eines PC braucht einfach Zeit und diese Zeit solltest du dir auch nehmen. Wenn du keine Zeit hast, dann lass ihn lieber zusammen bauen. Die Zeit die du brauchst, kann sehr unterschiedlich sein, je nach dem viel Erfahrung du hast. Was noch dazu kommt ist, dass es sein kann, dass eine bestimmte Komponenten einen Defekt aufweisst, wie z.B. dass einige Mainboard Schrauben nicht in die Gehäuse-Gewinden passten. Das ist ärgerlich, kann Zeit kosten, denn du must nach einer Lösung suchen, vielleicht auch den Support kontaktieren- das must du dir einfach bewusst sein.

Und für die anderen, welche die Frage falsch verstanden haben, er will nicht den Unterschied zwischen Fertig-PC und Selbst-Zusammenbau-PC, sondern den Unterschied zwischen selber Zusammenbauen und Zusammenbauen lassen.

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Wenn deine CPU 24 Lanes zur Verfügung stellt. Bekommt eine Karte 16 und die andere 8 Lanes.

Wenn du dir den i7 5820K kaufst, welcher 24 Lanes zur Verfügung stellt, brauchst du allerdings ein Haswell-Extreme Board und DDR4 RAM, diese beiden Sachen sind teurer als ein normalles Haswell Board und DDR3-RAM für den i7 4790. Der i7 5930K mit 40 Lanes ist dann noch ein Stückchen teurer.

Ein Geschwindigkeit-Unterschied zwischen x8 und x16 Lanes ist da, dieser ist aber nicht besonders gross.

Ausserdem würde ich kein SLI-Setup empfehlen, eine High-end Karte reicht locker aus.

Bei SLI hast du viele Probleme, wie Mikroruckler bei Games:

Bei einem SLI-Setup ist es so, dass die erste Karte das erste Frame berechnet und die zweite Karte das zweite Frame und so weiter. Dies nennt man auch AFR(Alternate Frame Rendering). Wenn jetzt die erste Karte mit ihrem Frame schneller fertig ist mit Rendern als die zweite, muss die erste Karte warten, was sich als leichtes Ruckeln bemerkbar macht.

Dann gibt es noch die Eingabeverzögerung von Tastatur und Maus, die bei zwei Karten doppelt so hoch ist wie bei einer.

Zwei Karten kosten zwar doppelt so viel, bringen aber niemals die doppelte Leistung. Wie hoch das Leistungsplus ist, ist von Spiel zu Spiel ziemlich verschieden. Es gibt sogar Spiele die gar kein SLI unterstützen.

Diese Probleme gelten allerdings nur fürs Gaming, bei Foto und Videobearbeitung sieht es wieder anders aus.

Also du siehst mit SLI gibt es ziemlich viele Probleme und eine Grafikkarte reicht für alle derzeitigen Spiele locker aus.

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