Wie muss der Nebensatz übersetzt werden, wenn der Hauptsatz im Plusquamperfekt steht (Latein PPP)?

Auf so etwas triffst du sehr selten, aber bei AcI und Abl. abs. schon, wenn der Autor eine vorzeitige Situation in ganz alten Zeiten schildern will.
Das ist auf Latein gar kein Problem.
Da das Deutsche keine (gültige) Version für die die Vorzeitigkeit beim Plusquamperfekt zur Verfügung hat, bleibt es beim Plusquamperfekt.
Ggf. kannst du noch mit irgendeinem Adverb die Vorzeitigkeit andeuten.

Caesar viderat milites castra collocavisse.
Cäsar hatte gesehen, dass die Soldaten (vorher) das Lager aufgebaut hatten.

Lass dich nicht verleiten, "aufgebaut gehabt haben" zu sagen. Das wird zwar vor allem in Brandenburg und Berlin gern gesagt, ist aber kein korrektes Deutsch.