Kann man einen 125 ccm zylinder auf einen 50 ccm Motor machen?

Das könnte möglich sein, nur müssten z.B. auch Rahmen, Fahrwerk und Bremsen dafür ausgelegt sein oder umgebaut werden. Hinzu kommt dann noch die Einzelabnahme. Die Kosten dafür dürften höher sein, als direkt ne 125er zu kaufen.

Last but not least kommt noch die passende Fahrerlaubnis hinzu.

Korrektur: Ich habe die Frage nicht richtig gelesen und ging davon aus, dass der ganze Motor gewechselt werden soll. Mea culpa.

Nur den Zylinder wechseln ist m.W. nicht möglich.

Nein, das würde hinten und vorne nicht passen. Da haben schon alleine die Stehbolzen ganz unterschiedliche Abmessungen und Abstände. Das klappt schon bei einem Zweitakter nicht und bei einem 4-Takter erst recht nicht.