Könnten Magnethalterungen für Handys im Auto potenziell Schäden am Gerät verursachen?

Nein, denn du lädst das Handy ja auch so.

Stelleinweise sind diese Halterungen auch Ladegeräte. Du kannst sie also entweder "nur" als Halterung verwenden oder eben auch gleichzeitig damit über den Zigarettenanzünder laden. -> also nein, es schadet nicht

Nutze das seit Jahren im Auto. Brauche das Handy manchmal als Navi.