Ich bin mir nicht sicher, ob es einen schlüssigen Beweis für die Existenz von Atomen gibt. Die Tatsache, dass man in Rastertunnelmikroskopen u.a. kleine Häufchen erkennen kann, mag zwar ein guter Hinweis darauf sein, genauso wie der Streuversuch von Rutherford.
Aber sie sind zumindest eine sehr gute Arbeithypothese. Die Tatsache, dass Du vor dem Computer sitzen kannst und diese Frage im Internet stellen kannst, ist letztlich eine eine praktische Anwendung der Theorie.
Vielleicht kommt in Zukunft ein kluger Kopf daher und sagt: "Leute, das ist alles ganz anders". Das hat es in der Wissenschaft durchaus schon gegeben, z.B. Äthertheorie, Phlogiston, auch unterschiedliche Atommodelle.
Bis dahin kann ich aber auch ohne die letzte Gewissheit gut leben und benutze wenn nötig die Aussagen dieser nicht 100%ig bewiesenen Theorie.