Wie kann man über eine SSH-Verbindung Dateien übertragen?

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Ja, die Dateien werden durch SFTP nur übertragen, also auf das Zielsystem kopiert. Wie du sie ausführst hängt von der Datei ab, die du ausführen willst. Du kannst einfach versuchen sie aufzurufen, wenn ein Interpreter angegeben ist, funktioniert das idr. auch. Also einfach

./meineDatei