Moin, die Daten in dem Ordner sind ja nicht im RAM, müssen also nicht die ganze Zeit neugeschrieben werden, die liegen einfach nur da rum, also nein, daran sollte es nicht liegen. Andere Faktoren spielen da eine viel wichtigere Rolle, Hintergrundprozesse, Thermalentwicklung zum Beispiel. Unter Windows mal Taskmanager öffnen -> Details und schauen was am meisten frisst. Unter Linux htop (oder in schön btop) im Terminal und da mal schauen. Ansonsten Thermalpaste wechseln falls Temperaturen nicht adäquat sind (HWMonitor Software).
Allerdings:
Daten können über die Zeit auf einer Festplatte stark Fragmentieren, dass heißt das eine teil liegt hier, dass andere hier, usw. Wenn das der Fall ist, kann das in der Tat zu einer langsameren Lese- und Schreibgeschwindigkeit führen. In dem Fall Defrag Tools verwenden.
Darauf also achten.