Es gab immer eine Konfliktsituation zwischen der NS-Ideologie und der Kirche, so wollte u.a. das NS-Regime starken Einfluß auf die Erziehung haben (Schule-Eltern-Hitlerjugend) und gleichzeitig die poltische, weltliche und gesellschaftliche Macht der Kirche schwächen (Jesus, der erste Antisemit, etc.).
Tatsächlich gab es aber vergleichsweise wenig christilichen Widerstand und teils sogar Kooperationen bzw. Duldung seitens der Kirche v.a. Themen zum Judentum.
Allerdings war der christiliche Glaube stark in der Gesellschaft und u.a. auch der Wehrmacht verankert - so trugen die Soldaten z.B. auf ihren Gürteln die Spruch "Gott mit uns". Die streng NS-treuen Einheiten und Nachwuchsorganisationen z.B. der SS, NAPOLAs, etc. wurden hingegen zu alternativen Glaubensrichtungen und -werten motiviert, es wurde ein hoher Aufwand getrieben, um z.B. Germanisches Glaubensgut zu reaktiveren (siehe Wewelsburg) und historische/gesellschaftliche Zusammenhänge zusmmenzubringen (z.B. Indo-Germanen).
Schau mal z.B. hier:
http://www.zweiter-weltkrieg.eu/drittes-reich/innenpolitik/jugend-im-dritten-reich/erziehung-und-alltag/schule/
Und hier zur Kirche, z.B. die "Deutschen Christen" im NS-Verbund:
http://www.zweiter-weltkrieg.eu/drittes-reich/innenpolitik/der-deutsche-widerstand/kirche-im-widerstand/
... "Himmler am 11. März 1937 erklärte, dass seine SS-Männer auch Christen und Kirchenmitglieder sein dürfen – dies sei Privatsache. Sie durften nur nicht Atheisten sein."