Aktuell durchläufst du für jeden Wert im Array "x" einmal jeden Wert im Array "y" und für jeden Wert im Array "y" alle Werte im Array "z". Und dabei weißt du jeder einzelnen Koordinate den selben Wert "k" zu, da sich k vor beenden der "x" Schleife laut deinem Code oben nicht mehr ändert.
Du müsstest also entweder bei jedem Durchlauf von einer der Schleife den nächsten Wert für "k" auslesen.
Sinnvoller wäre hier, ein eigenes Objekt "Koordinate" mit Variablen für x, y und z zu erstellen, und für jede Koordinate in deiner Textdatei ein solches zu erzeugen. Diese kannst du dann in einem eindimensionalen Array speichern.