Das ist ganz schwer zu beantworten, aber ich werde es versuchen. Wie @Odem51 schon sagt, ist Muay thai eine Eigensportart, MMA jedoch eine Mischung aus vielen solcher Eigensportarten. Die meisten MMA Kämpfer haben jahrelang Grappling, Bjj, oder thai erfahrung. Gehen wir also mal davon aus, dass der MMA Kämpfer in unserem Beispiel sonst keine andere Erfahrung hat, sodass wir beide Kampfsportarten in ihrer Theorie von der Effektivität her vergleichen können.
Nehmen wir einfach mal einen Muay thai Kämpfer auf der einen Seite, der seit 5 Jahren thai trainiert, und auf der anderen Seite einen MMA Kämpfer, welcher seit 5 Jahren rein MMA trainiert.
Im Stehen wird der Muay thai Kämpfer besser sein, da er seit 5 Jahren ausschließlich Techniken im Stehen gelernt und angewendet hat. Ob Schläge, Kicks, Knie, Ellenbogen oder Würfe. Das MMA Training dagegen, findet zu einem großen Teil auf dem Boden statt. D.h. in der Theorie in unserem Beispiel, hat der MMA Kämpfer etwa nur halb so viel Kampferfahrung im Stehen wie der Muay thai Kämpfer nach 5 Jahren. Dort wird der Thaikämpfer wahrscheinlich mehr Treffer landen.
Sobald es aber dem MMA Kämpfer gelingt, den Kampf auf den Boden zu verlagern, heisst es wiederum aus-die-maus für den Thaiboxer.
In diesem Beispiel würde meiner Meinung nach der Thaikämpfer die Nase etwas weiter vorne haben, da der Kampf im Stehen meiner Meinung nach etwas wichtiger ist, als der Bodenkampf. In der reinen Theorie wäre Muay thai demnach auf gleicher Dauer effektiver als MMA. (Die Antwort auf deine Frage)
Sollte der MMA Kämpfer jedoch anderweitig Erfahrung haben (Grappling, bjj, thai etc), was meistens der Fall ist, wird er der gefährlichere von beiden sein. Dies wär dann aber kein fairer Vergleich mehr, weil dort die Kampfsporterfahrung der anderen zuvor erlenten Kampfstile dazukommt, und wir wollten ja MMA und Muay thai als reine Kampfsportarten vergleichen.