Du musst, wenn du alle Daten auf die HDD verschiebst, vorallem auf Verknüpfungen achten. Das ist dein Problem richtig? Wenn du auf Verknüpfungen z.b. auf dem Desktop klickst ist diese Verknüpfung ungültig?
Du musst also eine neue Verknüfung des Programms anlegen. Gehe hierzu in den Ordner wo deine Programme abgelegt sind, meist auf C:\Programme, das ist der Standardordner. Jetzt gehst du nun auf deine HDD in deinen zuvor kopierten Programm Ordner und gehst z.b. in den Firefox Programm Ordner (wenn du den Browser benutzt)
Dann suchst du dir die firefox.exe raus, meist als Exe Datei erkennbar und mit Icon. Dann machst du Rechtsklick und Senden an -> Desktop Verknüfung erstellen
Somit funktioniert dann das Programm wieder.
Beim Installieren neuer Programme einfach den Installationspfad auf deine HDD ändern, somit werden die Programme erst gar nicht auf die SSD geschrieben. Wenn der Reiter in den Installationspfaden nicht zu finden ist musst du bei den meisten Setups "fortgeschritten für erfahrene Anwender" anwählen, dann kannst du den Installationspfad dennoch ändern.
Ich hoffe ich konnte dir helfen :)