Kurz gesagt weiß eine CPU durch die Milliarden von Transistoren, was er zu tun hat.
So etwas ist nämlich nicht ohne Grund so komplex. In einer CPU ist sogut wie alles fest verdrahtet. Wenn z.B. oder OP-Code (also quasi eine Anweisung) 00010010 (mal ganz hypothetisch) an den "Eingansdrähten" der CPU anliegt, geht dieser OP-Code dann z.B. durch so etwas wie einen Decoder (alles aufgebaut aus tausenden von Transistoren), der zum Schluss anhand dieses speziellen Inputs z.B. das entsprechende Modul der ALU aktiviert (Arithmetical Logical Unit - also der Teil des CPUs, der mit ganzzahlen Rechnen kann, welcher auch wiederrum nur aus Transistoren besteht, siehe hierzu z.B. http://de.wikipedia.org/wiki/Volladdierer)
Dabei kann eine CPU aber nicht nur Rechnen. Dinge aus dem RAM laden, den Cache managen und durchsuchen, alles realisiert durch hoch komplexe Aneinanderreihungen von Transistoren. Eine CPU hat z.B. in ihrer FPU auch Schaltungen, die einen Sinus oder Logarithmus oder was-weis-ich berechnen können.
Das Ganze kannst du dir also quasi als gigantische Schaltung vorstellen, die ein paar hundert Inputs und ein paar hundert Outputs hat und dabei bei einem bestimmten Input nun mal z.B. der Kosinus von 0,7 an den Outputs anliegt.
Eine CPU ist so ähnlich wie das Leben: Ausgebaut aus unendlich vielen hoch komplexen Chemischen Reaktionen bildet sich etwas so un-chemisches, dass man das ganze gar nicht mehr in Korrelation zueinander bringen kann. So ist die extrem hohe Komplexität der Schaltungen in einer CPU auch unbegreiflich, was letztendlich zu solchen Fragen führt.