Schreibt man Werkskundendienst oder Werkkundendienst?

Es ist beides möglich. Bei Werkskundendienst wird Werk ins Genitiv gesetzt wie bei Schadensersatz. Bei Werkkundendienst ist es schlicht ein Kompositum, wie bei Schadenersatz.

Werkskundendienst ist geläufiger.

Achtung! Das s ist nicht immer auf eine Genitivierung zurückzuführen, sondern ggf. einfach nur ein Bindebuchstabe, um die Aussprache gefälliger zu machen (z.B. Rindfleischetikettierungsverordnung). Der Unterschied ob Genitiv oder bloßes sprachästhetisches Binde-S ist manchmal nicht erkenntlich (z.B. kann man durchaus behaupten, dass es sich bei Werkskundendienst um ein Binde-S handelt, da hier zwei harte Konsonanten aufeinanderfolgen und Werk-Kundendienst in der Aussprache holpert).