Ist jede m.2 ssd mit dem m.2 slot auf jedem Mainboard kompatibel?

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M.2 ist erst einmal ein Formfaktor.

Darüber können verschiedene Protokolle genutzt werden.

M.2 kann PCIe, SATA und USB unterstützen. Je nachdem, wie der Boardhersteller das vorgesehen hat, nur eines oder auch eine Kombination daraus.

Entsprechend lassen sich nur M.2-Geräte in einem M.2-Slot verwenden, die das gleiche Protokoll sprechen.

NVMe (also PCIe) wird nicht auf SATA laufen und umgekehrt.

PCIe ist aber 3.0, die ssd hat 4.0. Ist das ein Problem?

Nein. PCIe ist sowohl auf Slot- als auch auf Geräteseite abwärtskompatibel. Der Anschluss und das Gerät verständigen sich auf die von Beiden unterstützte Version - hier also 3.0