Differenzielle Genexpressionsanalyse mit kontinuierlicher Variable möglich?

Wie kann man eine differenzielle Genexpressionsanalyse auf der Grundlage der verabreichten Medikamentenmenge durchführen, indem man die Medikamentenmenge als kontinuierliche Variable verwendet, anstatt die Proben in behandelte/unbehandelte Gruppen zu unterteilen, wie im Standard-Deseq2-Workflow?

Answer 1

[JockelMocke]

In DESeq2 kannst du die Medikamentenmenge einfach als kontinuierliche Variable in dein Modell einbauen. Anstatt die Proben in behandelte und unbehandelte Gruppen zu teilen, gibst du die genaue Dosis für jede Probe an und benutzt sie in der Design-Formel, zum Beispiel ~ Dosis. So kannst du direkt sehen, wie sich die Genexpression mit der Medikamentenmenge verändert. Hab ich auch schon mal gemacht, funktioniert super!