Natürlich ist er trotzdem trans. Du hast kein Recht, die Geschlechtsidentität anderer Menschen zu entscheiden oder zu beurteilen, ab welchem Punkt jemand trans ist.
Man ist trans, wenn man sich nicht mit seinem biologischen Geschlecht identifiziert sondern mit einem anderen. Dies scheint bei deinem Mitbewohner der Fall zu sein und wenn er dich darum bittet, ist es doch wirklich kein Beinbruch, ihn einfach mit männlichen Pronomen zu bezeichnen.
Nicht jede Transperson kann oder will Geschlechtsangleichende Operationen durchführen lassen. Manche haben Angst vor den Risiken medizinischer Eingriffe, anderen fehlen die finanziellen Mittel und die psychologischen Gutachten, um diese Operationen durchführen zu lassen, auch wenn sie dies in der Zukunft vor haben. Das macht sie aber nicht weniger trans.