An alle, die das selbe Problem haben: Ich habe es jetzt (denkbar einfach) gelöst.
Damit Multiverse-Core die difficulty's überhaupt für jede Welt einstellen kann (also für jede Welt was anderes als nur PEACEFUL), muss in der server.properties-Datei der Wert "difficulty" mindestens auf 1 gestellt sein.
Wenn das getan ist, kann für jede Welt in der Config oder per Befehl ein Schwierigkeitsgrad festgelegt werden.
difficulty
Definiert den Schwierigkeitsgrad auf dem Server.
0 - Friedlich
1 - Einfach
2 - Normal
3 - Schwer
Quelle: Minecraft Wiki (http://minecraft-de.gamepedia.com/Server.properties)
LG