Das Wichtigste wurde schon gesagt!
Aber ihr solltet für die Arbeiten, bei denen ihr einen Mangel erkennt auf jedenfall nicht bezahlen, ansonsten gilt die Leistung mit der vollständigen Bezahlung als abgenommen und es wird später noch schwieriger mit dem Mängelanspruch, obwohl generell gilt:
Mangel ist Mangel und muss behoben werden!
Ich gebe euch den Rat, euch bei größeren Bauaufgaben das nächste mal mit einem Bauleiter abzusichern, auch wenn private Bauherren so oft noch denken, dass sie sich da reindenken können, so kann ich als Bauleiter und Bautechniker nur sagen, dass genügend Schlupflöcher in sachgerechter Ausführung, dem Baurecht und der Bauphysik auf euch lauern.
Bei so großen Summen lieber kein Risiko mehr eingehen. :-)