ich würde auch als erstes checken, ob organisch mit deinem hund alles in ordnung ist. wenn das so ist, was zu hoffen ist, tippe ich auf folgendes:
du warst für den hund sein "lebensretter" und seine einzige ressource für futter, unterkunft, liebe usw. da er angst hatte, das zu verlieren, ist er an dir "geklebt wie kaugummi". nun, nach über 2 jahren ist er sicher geworden und der ursprüngliche charakter des hundes - selbstständig, souverän, vielleicht etwas distanziert - tritt zu tage.
sie hat nicht mehr dauernd angst, dich zu verlieren und wagt, "eigene wege zu gehen", wie du es beschreibst.
dass sie abhaut, wenn du sie rufst, kann damit zusammenhängen, dass sie deine unsicherheit und verwirrtheit auf grund ihres verhaltens spürt. oder hast du mit ihr geschimpft, weil sie nicht auf dich gehört hat? das könnte den hund wiederum sehr verunsichern.
wenn man einen traumatisierten hund aus schlechten verhältnissen übernimmt, dauert es jahre, bis der hund seine seelische souveränität wiedergewinnt. das klappt nicht in ein paar monaten wie das körperliche aufpäppeln.
ich hab meine hündin nun seit zwei jahren, schön langsam wird sie sicherer - mit rückfällen ( da klebt sie wieder an mir). meine freundin hat ihren hund seit 1,5 jahren. der ist noch sehr unsicher. und beide hunde waren zumindest körperlich in passabler verfassung, als wir sie bekamen.
vielleicht hilft dir das weiter.