Dass der Kern fast die ganze Masse hat, ist unerheblich. Die Gravitationskraft zwischen Kern und Elektron wäre höher, wenn sie ähnlich hohe Masse hätten. Denn die ist proportional zu M_1 mal M_2.
Aber so oder so ist die Gravitation bei so kleinen Massen kaum relevant im Vergleich zur elektromagnetischen Anziehung aufgrund der unterschiedlichen Ladungen. Dieser Kraft wirkt, wie einige schon gesagt haben, ein Quanteneffekt entgegen. Der geht in einfachen Worten so:
Wenn man den Abstand des Elektrons zum Kern von r0 auf r1 verkleinert, ist natürlich seine Ortsunschärfe kleiner. Die kannst dir vorstellen, dass sich die Ortsunschärfe über die gesamte Kugel um den Kern mit Radius r1 bzw. r0 erstreckt. Dadurch nimmt aber seine Impulsunschärfe nach der Heisenbergschen Unschärferelation zu. Das heißt, die Impulsunschärfe erstreckt sich jetzt nicht mehr über [-p0,+p0] sondern über [-p1,+p1] mit p1>p0. Das heißt die Unschärfe der kinetischen Energie (proportional zu p^2) erstreckt sich jetzt statt über [0,E0] über [0,E1] mit E0=p0^2/2m<p1^2/2m=E1.
Das bedeutet, dass der Erwartungswert der kintetischen Energie, was der Mittelwert dieser Unschärfe ist, größer ist.
Also: Wenn das Elektron, näher an den Kern geht, nimmt die potentielle Energie ab (Ladungsanziehung), aber die kinetische zu. Und ab einem gewissen Radius nimmt diese stärker zu als die potentielle. Das heißt, die Gesamtenergie nimmt dann bei Annäherung zu. Und das ist es. Das verhindert, dass das Elektron in den Kern fällt. Denn die Gesamtkraft zeigt ja immer in die Richtung in der die Gesamtenergie abnimmt, richtig?