Nein, es ist keine kindeswohlgefährdung, schon alleine deswegen, weil dein Partner in ärztlicher Behandlung ist. Dein Partner soll sich am besten von seinem Arzt was ausstellen lassen, wo steht, dass er keine Gefahr für dich oder die Kinder ist und dann würde ich schon alleine wegen der ex zum Anwalt gehen.
Solange dein Partner keine Gefahr ist, darf es das Jugendamt nichts angehen was für Krankheiten/Therapien er hat. Und noch so am Rande, falls die doch versuchen sollten Probleme deswegen zu machen, lasst euch bloß nicht einschüchtern und gebt keine schweigepflichtsentbindung für den Arzt ab. Das versuchen die gerne, habe aber keine Rechte, wenn keine Gefahr besteht ( ich spreche aus Erfahrung)