wenn deine Startdüsen ausreichend geladen sind, so das das Raumschiff abheben kann, ist es mit der Fernsteuerung kein Problem. Such dir eine freie Stelle zur Landung drücke X ( beim PC), wähle dein Raumschiff aus der Liste aus und drücke F zeig mit dem Cursor dabei auf die beabsichtigte Landestelle, dort sollte ein grünes Raumschiffsymbol erscheinen und schon sollte das Schiff dort landen.

du meinst wahrscheinlich ein Signal zum Wiederfinden. Da musst du dir eine Boje mit dem Fabrikator bauen und an der Basis aussetzen. Den angezeigten Namen kannst du selbst ändern, wenn sie ausgesetzt ist. 

also ich habe einen 5 x 5 Würfel großen Raum gebaut, problemlos. Du kannst überall Türen und Gänge einsetzen nur nicht in die Eckwürfel. Das würde bedeuten, dass es evtl bei 2 x 2 Würfeln Probleme geben könnte. Du kannst zwar aus einem Gang heraus die Würfel aneinander setzen, das sollte aber am sichersten von innen geschehen, damit sie sich ordentlich verbinden. Also stell dich in den Gang und von hier kann man ohne den Standort zu verändern mehrere Würfel aneinander fügen. Auf alle Fälle sollten bei einem 3 x 3 Würfelraum sich im mittleren Würfel an den Außenseiten Türen und Gänge anfügen lassen. 

in deinem persönlichen Inventar, wo angezeigt wird was du aktuell angelegt hast, taucht neben dem Kopf ein wellen-Icon auf, das kannst du entfernen und irgendwo in der Basis lagern. Es erzeugt jeweils für eine Rettungskapsel das Signal. Alternativ kann man das Signal natürlich auch unterdrücken, indem du die Markierung wie beschrieben deaktivierst oder umfärbst, das macht aber die Liste lang und unübersichtlich. 

wenn du Energie hast, kann es eigentlich nur ein Leck sein. Durchsuche mal deine Räume und verschweiße es. Achte auf die Stabilität der Basis, der Wert sollte nach meinen Erfahrungen über 10 liegen und wird kurz oben links nach jeder Strukturänderung angezeigt.

http://www.gamona.de/games/no-man-s-sky,guide-atlas-pass-v1-v2-und-v3:article.html

du nimmst das Gerät in die Hand und drückst die Taste R. Es erscheint eine kleine Menüzeile unten am Bidlschirmrand: ein X für nur Entfernen der Batterie oder weiter nach rechts eine Aufzählung aller relevanten Akkus mit Angabe des Ladezustandes. Wähle einen voll geladenen Akku aus und klicke mit der linken MT darauf, es wird der Akku aus dem Gerät gegen den Ausgewählten ausgetauscht.

es gab mal einen Eingang von unten, der in den Reaktorraum führte, aber der ist dicht. Es gibt nach meinem Erkenntnisstand nur zwei Eingänge im Bugbereich über schiefe Ebenen. Du solltest da besser eine Schubkanone mitnehmen um die Blockierungen wegzuräumen und möglichst einen Feuerlöscher 

weißer Pilz + Salz = Salzsäure

Salzsäure + Gold = Polyanilin

versuche es mit einem Cheat. In der Konsole "warpme " eingeben, sollte dich zu deiner letzten besuchten Basis teleportieren.