Skype, Zoom oder auch Microsoft Teams sind keine kostenlosen Anwendungen. Deiner Frage entnehm ich, dass du davon ausgehst, dass die Schulen das einfach nutzen können und eine Menge Geld sparen können. Tatsächlich ist es so, dass der Staat den Firmen hinter diesen Anwendungen sehr viel Lizenzgebühren zahlt.
Möglicherweise ist das Betreiben eigener Anwendungen auf eigenen Servern günstiger.
Ein zusätzlicher Vorteil ist, dass man ein eigenes Programm selbst anpassen kann und Änderungen vornehmen kann. Außerdem ist man bei Zweifel der Datensicherheit von Zoom o.ä. selbst dafür verantwortlich.