Diese Frage ist gar nicht so einfach zu beantworten ;) Beide Tierarten sind ziemlich unterschiedlich! Der erste Schritt sollte also sein dich über die beiden Tierarten zu informieren und zu entscheiden welche Tierart besser zu dir passt.
Ich halte Meerschweinchen. Meerschweinchen sind sehr kommunikative Tiere. Eine größere Meerschweinchengruppe hat manchmal den ganzen Tag lang etwas zu erzählen. Meerschweinchen sind sehr fröhliche und gesellige Tiere die es Spass macht zu beobachten sofern man ihnen ausreichend Platz und Beschäftigungsmöglichkeiten gibst! Meerschweinchen sind aber keine Kuscheltiere. In der Regel sind Meerschweinchen eher scheu, fast jedes Tier kann man so weit zähmen dass es sein Futter aus der Hand nimmt oder auch dafür Männchen macht, aber die wenigsten Tiere werden streichelzahm.
Kaninchen hingegen kommunizieren viel über Körpersprache. Sie schmusen auch mal miteinander und manche werden so zahm dass sie auch mit Menschen kuscheln, auf zurufen herbei kommen und ähnliches. Aber das ist unter anderem auch vom Charakter des Tieres abhängig.
Zur Haltung und Sauberkeit:
Zunächst einmal, bitte mach dir deutlich: Tiere machen immer Dreck! Die Haltung von Kleintieren erfordert deine Zeit, deinen Platz, deine Arbeit. Wenn es dir darum geht dass ein Tier möglichst wenig Dreck machen sollte sind beide Tierarten eigentlich weniger für dich geeignet. Kaninchen kann man meist stubenrein bekommen und sie in einem eigenen Zimmer oder sogar in der ganzen Wohnung laufen lassen (sofern entsprechende Vorkehrungen getroffen werden). Kaninchen benötigen wirklich viel Platz! Sie sind sehr bewegungsfreudig und bewegen sich durch hoppeln und springen fort und benötigen Platz um ihren Bewegungsdrang auszuleben. Halte Kaninchen niemals in einem kleinen Standartkäfig, dies ist schlichtweg Tierquälerei! Auch Meerschweinchen sollten ausreichend Platz zur Verfügung haben. Leider werden Schweinchen meist nicht stubenrein, in diesem Punkt würde ich also sagen dass Kaninchen weniger Dreck machen.
Krankheiten:
Meerschweinchen und Kaninchen können krank werden wie alle anderen Tiere auch. Sie können sich erkälten, eine chronische Krankheit bekommen oder auch mal Parasiten bekommen. Wenn du vorbeugen willst halte deine Tiere von Anfang an artgerecht, vermeide Stress und füttere sie vor allem artgerecht und abwechslungsreich, denn damit kannst du Blähungen, Durchfall und Zahnbeschwerden vorbeugen, welche bei diesen Tieren auch zum schnellen Tod führen können.
Bitte mach dir bewusst dass die Tierärzte sich die Versorgung von Meerschweinchen und Kaninchen gut bezahlen lassen. Medikamente für Kleintiere sind auch sehr teuer. Du musst immer damit rechnen dass mal etwas passiert, was behandelt werden musst. Allein die Untersuchung kostet je nach Tierarzt um die 8-12€uro, hinzu kommen meist Medikamente, eventuelle weitere Untersuchungen. Wenn du dir nicht sicher bist ob du das alles zahlen kannst und willst, bitte überlege es dir noch einmal mit der Tierhaltung.
Bitte informiere dich nicht im Zoofachgeschäft. Leider sind sehr häufig dort Mitarbeiter eingestellt die von diesen Tieren keine Ahnung haben und daher völlig falsch informieren.
Wichtig ausserdem: mellaa schrieb dass man gut zwei Kaninchen Mädels zusammen halten kann. Das ist nicht richtig. Zwei Mädels vertragen sich nicht immer, es ist eher ein Glücksgriff wenn sich mal zwei vertragen. Bei Kaninchen musst du also einen Kastraten und ein Mädel halten. Bei Meerschweinchen ist es möglich zwei Mädels zu halten, einen Kastraten und ein Mädel und es ist auch möglich zwei Böckchen zu halten, allerdings ist diese Haltung etwas schwieriger und nur unter bestimmten Bedingungen möglich!