Zunächst vorweg: Ein Programm, das beide Anforderungen bedient, gibt es nicht.
Eine neutrale Übersicht über Notenprogramme inkl. Liste gibts in der Wikipedia unter dem Schlagwort: "Notensatzprogramm". Mein Tipp: PriMus Standard von Columbus Soft
Eine neutrale Übersicht über automatische Transkriptionssoftware gibts auch in der Wikipedia unter dem Schlagwort: "Transkription (Musik)", Unterabschnitt "Automatische Musiktranskription" Mein Tipp: Das ist entweder zu teuer für dich oder funktioniert nur unbefriedigend, es sei denn du hast einstimmige wirklich gute Aufnahmen... und mir fällt noch ein. Wenn du ein iPhone hast, schau mal nach der App "Scorecleaner Notes"...
Es gibt auch Programme, die beim manuellen Transkribieren helfen sollen, indem man z.B. mit ihnen die Wave-Datei bei konstanter Tonhöhe langsamer oder schneller abspielen kann: zum Beispiel Transcribe! (http://www.seventhstring.com/xscribe/screenshots.html)
Was man eigentlich noch hätte wissen müssen, um dir nen guten Tipp zu geben, wäre, ob man Schwyzerörgeli als normale Noten setzt, oder ob es da irgendwelche Tabulaturen (etwa so wie für steirische Harmonika) gibt?