ertragen: Ich muss etwas Unangenehmes aushalten, es körperlich und psychisch bewältigen, z.B. Schmerz, Kälte, Leid. Der Ausdruck wird häufig verneint: Ich kann keinen Schmerz ertragen, ich kann den Anblick nicht ertragen. Wenn jemand die Wahrheit nicht ertragen kann, dann will er einfach nicht wissen, was wahr ist.
vertragen: hat verschiedene Bedeutungen. Es kann synonym zu "ertragen" verwendet werden: Ich vertrage keine Kälte. Wird aber häufiger in dem Sinne gebraucht, dass man körperlich auf etwas reagiert: Ich vertrage dieses Medikament nicht (mir wird davon übel).
Der Bedeutungsunterschied wäre demnach, dass "ertragen" stärker die psychische Belastung einbezieht, "vertragen" auf die körperlichen Reaktionen zielt. "Ertragen" muss ich zudem etwas, was mir geschieht; "vertragen" muss ich auch Dinge, die ich mir selbst zuführe, z.B. Alkohol.
"Vertragen" hat darüber hinaus noch weitere Bedeutungen, aber nach denen war hier ja nicht gefragt.