Die DNA-Probe, die man am Anfang hat, ist meist sehr groß. Man möchte aber nur einen bestimmten Teil davon vervielfältigen und untersuchen. Deshalb braucht man zwei Sorten von Primern, die den Anfang und das Ende des Stückes festlegen, dass vervielfältigt werden soll.
Wenn nun ein Strang der Ausgangsprobe vedoppelt wird, geschieht das also erst ab dem Primer. Alles, was davor lag, wird nicht vervielfältigt. Aber die Verdopplung des Einzelstranges läuft bis zum Ende durch. Dadurch ist der neue Strang nun an einer Seite kürzer als der Ausgangsstrang.
Zyklus I:
ATGCTGACGTACGTTGACATTTGCGTATCCGATCGG
...........CTGCA ->
(Primer)
Es entsteht: CTGCATGCAACTGTAAACGCATAGGCTAGCC
ATGCT fällt also weg, weil es vor dem Primer liegt.
Beim zweiten Zyklus geschieht das ganze aAm anderen Ende: Der Primer wird da angesetzt, wo die gewünschte Stelle zu Ende ist und dadurch wird auch hier der ganze Bereich vor dem Primer nicht mehr verdoppelt. Somit geht der neu synthetisierte Einzelstrang nur noch von einem Primer zum anderen.
Zyklus II:
CTGCATGCAACTGTAAACGCATAGGCTAGCC
.............................................<-TCCGA (Primer)
Es entsteht jetzt nur noch: GACGTACGTTGACATTTGCGTATCCGA
AGCC fällt also weg, weil es vor dem anderen Primer liegt.
Und wenn jetzt im dritten (und den darauffolgenden) Zyklen die Primer ansetzen, kann ja nur noch so lange verdoppelt werden, so lang der Strang ist.
Zyklus III: (und über III)
GACGTACGTTGACATTTGCGTATCCGA
CTGCA->
(Primer)
Es entsteht: CTGATGCAACTGTAAACGCATAGGCT (von Primer zu Primer)
Natürlich werden alle Stränge in einem Ansatz vervielfältigt (nicht nur den einen, den ich aufgeschrieben habe). Aber wenn ich ganz viele Zyklen mache, habe ich ganz viele Stränge, die nur von Primer zu Primer reichen und ein paar wenige, die länger sind, weil sie aus den ersten Zyklen stammen. Weil die anderen aber so viel mehr sind, stört es nicht, dass diese paar noch dabei bleiben.