Ich würde mich für Nathan der Weise entscheiden. Hat mir persönlich mehr zugesagt. War am Ende gar nicht so kompliziert, erst recht, wenn man einen Lektüreschlüssel zur Hand hat. Der nimmt einem zwar nicht die gesamte Arbeit ab, vereinfacht es aber immens. Ich habe Emilia Galotti zwar nicht gelesen, fand aber meine Entscheidung damals zu Gunsten von Nathan der Weise als die völlig richtige. Hier mal ein Link zum Lektüreschlüssel:
http://www.hertie.de/Lektueren-Interpretationen/Nathan-der-Weise-Lektuereschluessel-Schueler_p789765