Ich denke es ist tatsächlich so passiert, am Anfang wird in den Film mit eben jener Geschichte von der Prinzessin welche mehr oder eniger in der "Realität" verschwunden ist eingeleitet, ich denke nicht das Del Toro uns damit nur eine "Phantasie" im Film geben wollte.
Erwachsene (Oder zumindest der General) konnten den Pan nicht sehen, das stimmt aber wenn wir uns zurück erinnern waren die Feen zunächst eine Art insekt, nur weil Orfelia an Feen geglaubt hat sind sie ihr auch so erschienen. Darauf schließe ich persönlich das nur wer glaubt auch sieht und keiner der Erwachsenen hat geglaubt.
Als sie Im Laberynth von ihm verfolgt wurde hat sich das Gestein zu einem Weg geöffnet und beim General ganz eindäutig verschlossen. Natürlich erreichte er sie schließlich dennoch, jedoch war das vom pan beabsichtigt da sie sich entschlossenen hatte nicht das Blut ihres Bruders sondern ihr eigenes zu opfern.
Wie hier auch glaube ich schon erwähnt wurde hätte sie nicht aus dem Zimmer entkommen können um ihren Bruder zu hollen wenn dieser "Trick" mit der Kreide nicht funktioniert hätte.
Hinzukommt das man am Schluss den Baum der eigentlich tot und krank war wieder blühen sah.
LG