es ist zwar bereits über ein Jahr her, dass Du die Frage gestellt hast, aber ich beantworte sie mal trotzdem (einfach, weil ich selbst etwas suchen musste, als ich das ändern wollte und es vielleicht auch anderen Leuten noch hilft)
Du findest im SteamOrdner (bei mir C:/Programme(x86)/Steam) unter SteamApps und dann common den Ordner für das Spiel Beyond Good & Evil. Darin müssten mehrere .exe Dateien zu finden sein. Eine davon heißt (zumindest bei mir) SettingsApplication. Die Datei sollte das Einstellungsmenü wieder öffnen, dass Du gesucht hast! :)