Wenn Du "natürlich" in 3D siehst, haben Deine Augen und Dein Gehirn Zeit, sich anzupassen, wenn Du z.B. den Kopf bewegst. Beim 3D-Film schaust Du aber starr nach vorne - und trotzdem tut sich etwas auf der Sehfläche, manche Objekte erscheinen nah vor Deinem Auge, andere fern. Gerade bei Schnitten oder Kameraschwenks kann das zu Kopfschmerzen und Übelkeit führen. Ich habe das auch schonmal!
Ein weiterer Grund ist, dass der 3D-Effekt beim Film dadurch entsteht, dass zwei Kameras verwendet werden, die nebeneinander sind und das Geschehen abfilmen. Diese Kameras sind sozusagen die "Augen", durch die Du den Film sehen kannst. Der Abstand dieser Kameras kann aber anders (etwas enger oder weiter) sein als bei Deinen "echten" Augen. Wenn Du also einen Gegenstand im Film siehst, bemerkt Dein Gehirn, dass an dem Bild etwas nicht stimmt - der Blickwinkel ist anders als normal. Den Versuch des Gehirns, die Augenmuskeln zur Korrektur zu bewegen, bemerkst Du dann als Kopfschmerzen.