Schwarze Flecken auf meinem Pferd?

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Das ist ein gar nicht so ungewöhnliches/ seltenes Phänomen bei Füchsen und Braunen.

Diese Flecken nennen sich Corn bzw. Fliegen-flecken (ähnlich wie bei Fliegenschimmeln) [sind die dunklen Flecken etwas größer werden sie als Cornflecken bezeichten, sind sie klein dann werden sie Fliegenflecken genannt.]

Diese Flecken resultieren aus einer Pigmentstörung. Ein Gendefekt der das Fell an einigen Stellen dunkler wachsen lässt.

Hast du früher auch das Pferd geschoren?

Pferde bekommen unterschiedliche Töne ins Fell bei Winterfell oder Sommerfell. Z.B. Winterrappen sind nur wirklich ganz schwarz im Winter.

Durch das scheren fällt es vermutlich erst auf.

Das weiß ich auch nicht, aber frag doch mal den Hofbesitzer (falls es nicht auf deinem eigenen Hof steht) oder den Tierarzt.