Können sich schwarze und rotbraune Eichhörnchen paaren. Denn ich sehe oft ein sehr schwarzes mit dunkelrotem Fell?

"Hiesige" Eichhörnchen (Sciurus vulgaris) kommen in einer schwarzen und einer rotbraunen Fellvariante vor, dies sind keine zwei Arten.

Ähnliche Fellvarianten gibt es auch bei anderen Tieren. Ein "schwarzer Panther" ist dieselbe Art wie ein Leopard (Panthera pardus), bloß eben mit anderer Fellfärbung.

Einer Paarung steht also nichts im Wege.

Ja das können sie. Eichhörnchen haben unterschiedliche Fellfarben. Manche sind rotbraun manchen eben schwarz. Aber sie gehören der gleichen Art an.  Aber wahrscheinlich wird das amerikanische Grauhörnchen bald nach Deutschland einwandern. Es hat das europäische Eichhörnchen in den Gebieten in denen es lebt fast vollständig verdrängt.  Es wurde in Europa eingeschleppt und wenn es sich weiter ausbreitet wird es das europäische Eichhörnchen fast überall verdrängen. 

Es ist nur eine Art also ja
Dann sind nur leichte Ausprägungen

Klar können die sich paaren, genauso wie ein schwarzes und ein rotes Pferd. Allerdings mischt sich da nicht die Fellfarbe 50/50. So funktioniert Vererbung nicht.

Die meisten schwarzen Felle der Tiere sind in Wirklichkeit braun, ich hab nen scheinbar schwarzen Hund, wenn aber die Sonne durchs Fell scheint sieht man, das es eigentlich rotbraun ist, er hat einen Irischen Setter als Vorfahr.

Das Europäische Eichhörnchen, Sciurus vulgaris, kommt in roten bis braunschwarzen Varieanten vor, die miteinander fruchtbar paarbar sind.

Das amerikanische Grauhörnchen hingegen, Sciurus carolinensis, ist eine eigenständige Art. Desgleichen das Kaukasiche Eichhörnchen, Sciurus anomalus.