Auch wenn die Sache etwas älter ist, googeln sehr viele WhatsApp Nutzer diese Frage, auch heute noch, und deshalb möchte ich das aus eigener Erfahrung (Mit Android) beantworten:
Der zweite Haken kam bei bestimmten Kontakten erst, als dieser WhatsApp geöffnet, und dann den Thread geöffnet hat. ALLERDINGS kam der zweite Haken bei einigen AUCH nach dem SOFORTIGEN Versand der Nachricht, daraus schlussfolgere ich, dass wenn der Chatpartner unter W.A. Einstellungen die Pop-up Nachrichtenfunktion aktiviert hat, diese sofort als gelesen gemeldet werden, da sie ja gut lesbar auf dem Startbildschirm des Androiden eingeblendet werden.