Um welche Organisation handelt es sich denn? 

Schreib dein Motivationsschreiben in der Sprache in der du dich am besten Ausdrücken kannst. Du gehst ja nicht ins Ausland, weil du schon perfekt die andere Sprache beherrschst, sondern weil du es u.a. lernen willst. Was ist denn ein gutes Motivationsschreiben auf Deutsch gegen ein total Fehlerhaftes auf Englisch? Genauso ist es umgekehrt. :-) Also es hängt eher von der Qualität ab und nicht in welcher Sprache es ist, auch wenn es natürlich Pluspunkte gibt, wenn man ein wirklich gutes, englisches Motivationsschreiben ist. 

Viel Glück mit deiner Bewerbung, was würde ich nur dafür geben mein Auslandsjahr nochmal erleben zu können. Das ist eine unvergessliche Erfahrung, die einem keiner nehmen kann und die man nie vergissst :)