Start den Server neu und lass die Finger vom /reload command.

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Der /reload Befehl von Bukkit/Spigot sollte nicht verwendet werden, der macht nur Probleme.

Wenn du die Config eines Plugins neu einlesen lassen willst, schau nach ob das Plugin einen reload Befehl hat und Nutz den. (in deinem fall '/mv reload')

Alternativ kannst du den Server Stoppen, Config ändern und Server wieder Starten.

Ps: MultiverseCore hat glaube ich auch in-game Commands mit denen du soetwas ändern könntest.

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Könntest du den Log vom Bungeecord auf hastebin hochladen (ip Adressen abändern)?

Du hast vorhin gesagt, dass du die sub Server erreichen kannst.
Das hat zwar jetzt nichts mit deinem Problem zu tun, könnte aber ein Riesen Problem für dich werden: Die Spigot/Bukkit Server dürfen NIE von außerhalb des Netzwerks erreichbar sein.
Wenn du Bungeecord und die Sub-Server auf einer Maschine Hostest, trag in den server.properties als IP-Adresse 'localhost' oder '127.0.0.1' ein.

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Das ist eine Fehlermeldung vom Server. Warte einfach bis die den Fehler behoben haben.

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Pex setzt nur den Prefix anzeigen muss ihn ein anderes Plugin.

Je nach dem wo du den Prefix anzeigen möchtest, brauchst du unterschiedliche Plugins.

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Wenn ich mich recht erinnere bieten sowohl Herochat als auch VentureChat diese Funktion an.

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Wenn du mit der Meldung Zeitüberschreitung gekickt wirst, heißt das nicht, dass der Server abgestürzt ist.

Du könntest das Plugin LagMonitor auf den Server spielen und mal mit dem /ping command deine Verbindung zum Server testen.

Ps: An deiner Stelle würde ich den Support des Hosters mal fragen, warum es immer wieder zu Zeitüberschreitungen auf deinem Server kommt.

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Ja, das ist ein Java Stacktrace.

Könntest du das gesamte log auf hastebin.com hochladen (ist übersichtlicher)?

Ps: IP Adressen, kannst du entfernen.

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Wenn du dich einlogst sollte die Console eine Massage ausgeben, welche folgendermaßen aussieht:

UUID of Player [Spielername] is [UUID]

Im Ordner 'world' sollte sich der Ordner 'playerdata' befinden. In diesem ist jetzt eine Datei, die genau den selben Namen hat, wie deine UUID aus der Console.

Wenn du diese Datei löscht, kannst du wieder auf den Server, aber dein Inv, LVL, etc. sind weg.

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Ich gehe mal davon aus, das du einen Minecraft Server meinst.

Wenn der Server Startet müsste irgendwo in den ersten 15 Zeilen die IP und der Port des Servers stehen.

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DDoS bedeutet nur Distributed Denial of Service und versucht denen Service (in deinem Fall den Minecraftserver) unerreichbar zu machen.

Auf welche art und weise dies erreicht wird ist angriffsabhängig, die am weitesten verbreitete variante ist wohl das überlasten der Serveranbindung (den Internet Anschluss des Servers).

Wie du dich gegen DDoS Angriffe verteidigen kannst ist also abhängig von der Angriffsmethode.

Möchtest du dich z.B. vor einer Überlastung deiner Anbindung schützen:
Brauchst du eine bessere Anbindung, oder du mietest jemanden an der eine bessere Anbindung hat und nur den Teil durch zu lassen, mit dem du etwas anfangen kannst.
(ich werde hier nicht darauf eingehen, wie diese Anbieter Angriffe filtern)

Andere Angriffsmöglichkeiten auf deinen Server währe, alle Slots des Servers mit Bots zu belegen, somit könnte kein normaler Spieler mehr auf deinen Server connecten und der Server währe sozusagen unnerreichbar.

PPs: Es gibt gute Erklärungen wie DDoS funktioniert auf Youtube, auch auf Deutsch aber hauptsächlich auf Englisch.

Link: 

https://youtube.com/watch?v=2cn_IMtd5Qw

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Du suchst an falscher stelle, ein solches Plugin brauchst du für den Spigot/Bukkit server nicht für den BungeeCord (der hat keine Welt).

Es gibt 2 Möglichkeiten, einen Worldreset beim Serverstart/Serverstop zu realisieren, entweder (wie du bereits meintest) mit einem Plugin oder du verwendest eine spezielle start/stop Datei (.sh/.bat, je nach System).

Ps: Sollte sich dein Server noch im Aufbau befinden, also es wird noch in der Welt gebaut muss die Welt anderweitig abgespeichert werden bevor du den Server restartest.

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Nein, online-mode musst du auf false stellen, da der BungeeCord die Authentifizierung der Clients übernimmt.

In der Spigot.yml gib es allerdings eine Option, die du auf true stellen musst:

bungeecord: true

Wenn du online-mode auf false und BungeeCord auf true hast, solltest du automatisch auf allen Subservern Skins haben.

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Hier mal ein paar links für dich:

https://bukkit.org/threads/breakdown-of-playerjoinevent-playerpreloginevent-and-playerloginevent.37992/

https://hub.spigotmc.org/javadocs/bukkit/org/bukkit/event/player/PlayerPreLoginEvent.html

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Ich hoffe dir ist Bewusst, dass der Server während des Portscanns laufen muss.
Andernfalls wird der Port als geschlossen gewertet.

Da du anscheinend nicht weißt wo die Verbindung unterbrochen wird, solltest du sie Stück für Stück testen:

Heißt Server Starten und über localhost connecten,
dann über einen PC im Netzwerk
und zu guterletzt aus dem Internet.

Du hast jetzt 3 Verbindungstests bei welchem taucht der Fehler auf?

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