Ich bin mir sicher, dass hier einige Personen viel bessere Antworten geben werden und auch mehr Verständnis über diese Themen mitbringen, aber da diese Antworten zum Anfangszeitpunkt des Verfassens meiner Antwort noch nicht eingegangen sind, versuche ich mich mal als interessierter Laie (wenn ich überhaupt dieser Beschreibung entsprechen darf), indem ich auf "Quellen" verweise, die vielleicht als erste Station zu besseren führen können. (Ich sehe gerade, dass ich bedingt durch eine Pause um etwa 6 Stunden verspätet bin) :D
Warum ist das Universum nicht leer?
Eine der großen ungelösten Probleme der Physik: https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_unsolved_problems_in_physics#Cosmology_and_general_relativity
https://en.wikipedia.org/wiki/Baryon_asymmetry
In the past few decades, particle-physics experiments have shown that the laws of nature do not apply equally to matter and antimatter. Physicists are keen to discover the reasons why. Researchers have observed spontaneous transformations between particles and their antiparticles, occurring millions of times per second before they decay. Some unknown entity intervening in this process in the early universe could have caused these "oscillating" particles to decay as matter more often than they decayed as antimatter.
https://home.cern/science/physics/matter-antimatter-asymmetry-problem
So solle etwa ein Milliardstel der heute "sichtbaren" Materie "überlebt" haben, also nicht Dunkle Materie, welche schätzungsweise etwa 84,5% aller Materie ausmachen soll, aber 26,8% der Masse-Energie, sondern solche, welche elektromagnetisch interagiert und 4,85% Masse-Energie ausmacht, wovon wiederum wohl etwa die Hälfte im "WHIM" vorhanden ist. https://en.wikipedia.org/wiki/Warm%E2%80%93hot_intergalactic_medium.
https://www.spektrum.de/lexikon/astronomie/baryogenese/30
Wieso gibt es das Universum Überhaupt?
Das wissen wir (noch) nicht. Wir können nur bis zu einem gewissen Punkt zurück berechnen. Vielleicht bleibt uns die Planck-Ära und die Singularität für immer unzugänglich.
https://en.wikipedia.org/wiki/Physics_beyond_the_Standard_Model
Falls die Frage metaphysischer Natur ist:
https://en.wikipedia.org/wiki/Why_there_is_anything_at_all
Wer o. Was hat bestimmt, wie viele Quarks / wie viel Materie und evtl. Antimaterie es gibt?
Nun, es sind immer Hochrechnungen nach bestem Wissensstand zum Zeitpunkt unter Zuhilfenahme der Methoden und Theorien (wissenschaftliche, keine umgangssprachlichen), welche bisher am besten das beschreiben, was wir gemessen und observiert haben (das am besten reproduzieren können). Oft werden diese durch weitere Messungen angepasst. Manchmal gestaltet es sich aber als schwer, da uns zu viel verborgen bleibt. In dem Fall kann man nur über den Teil des Universums Aussagen treffen, der einem "zugänglich" ist, ob nun durch unzureichende Technik, Herangehensweise, Perspektive oder gar durch (zum Zeitpunkt oder vielleicht irreversibel unüberwindbare) Grenzen der Natur des Kosmos verwehrt. https://en.wikipedia.org/wiki/Cosmological_horizon
Bisher wissen wir auch nicht genau über die Komposition (Wirkungsweise und Existenz postulierter Grundlagen) des "sichtbaren" Teils des Universum bescheid:
https://home.cern/science/physics/dark-matter
https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_unsolved_problems_in_physics#Cosmology_and_general_relativity
Wer o. w hat den Aufbau von Atomen bestimmt, und das in jede Aussenschale 2 bzw. 8 Elektronen Passen?
Nun, Atommodelle wurden von unterschiedlichen Personen, Forschungsarbeiten und Überlegungen hervorgebracht.
Die Frage, wann zwei, acht oder achtzehn Außenelektronen angestrebt werden, kann an der Zugehörigkeit zu den Perioden oder Gruppen erkannt werden. Nur für die erste Periode und die ersten Metalle der zweiten Periode gilt die Zwei-Elektronen-Regel. Die meisten anderen Hauptgruppenelemente streben das Erreichen des Oktetts an. In den Nebengruppen gilt meistens die Achtzehn-Elektronen-Regel, obwohl die Edelgasregel für mehr Verbindungen Gültigkeit erlangt als die Oktettregel.
https://de.wikipedia.org/wiki/Edelgasregel
Das Bohrsche Atommodell (1913 und spätere Erweiterungen) ist nur eines der vielen Modelle, die es bisher gab. Charakteristisch sind hierbei Elektronenbahnen. https://de.wikipedia.org/wiki/Bohrsches_Atommodell
Tatsächlich gibt es seit mindestens 1924 bessere Beschreibungen durch das Orbitalmodell, das neuere Erkenntnisse miteinbezieht:
https://de.wikipedia.org/wiki/Atomorbital
https://de.wikipedia.org/wiki/Block_des_Periodensystems
Durch Einbezug der Dualität des Teilchen-Wellencharakters von Elektronen, wobei eine "Wolke" um den Nukleus existiert, in der sich Elektronen mit bestimmten Wahrscheinlichkeiten an bestimmten Punkten aufhalten. Siehe u.a. Schrödingergleichung 1926:
https://de.wikipedia.org/wiki/Schr%C3%B6dingergleichung#Allgemeine_Erl%C3%A4uterungen
Elektronenimpuls und Position sind unmöglich gleichzeitig zu bestimmen. Siehe Heisenberg'sche Unschärferleation von 1927 bei "Elektron im Atom" unter "Alltagserfahrung": https://de.wikipedia.org/wiki/Heisenbergsche_Unsch%C3%A4rferelation#Unsch%C3%A4rferelation_und_Alltagserfahrung
Heute wird oft das Schalenmodell in einer abgewandelten Form (mit Neutronen, welche erst 1932 nachgewiesen wurden) zur vereinfachten Darstellung genutzt.