Es gibt verschieden Command-Line Tools die das können, hier mal ein Beispiel:
xcopy c:\ordner1\dateixy.z c:\ordner2\
/D : nur neuere Dateien
/Y Dateien ohne Nachfragen überschreiben
Diese Zeile würde eine Datei von Ordner in Ordner 2 kopieren.
Wie gesagt gibt auch noch andere Tools, wie robocopy, google hilft ;)!
Mit freundlichen Grüßen